ANII | Agencia Nacional de Investigación e Innovación

El estudio de genomas utilizando secuenciado masivo de última generación es un área en constante desarrollo, y su aplicación al estudio de bacterias endófitas tiene el potencial de brindar información muy útil para entender su interacción con la planta. Utilizando esta aproximación se han caracterizado cepas promotoras del crecimiento vegetal (PCV) de bacterias endófitas asociadas a cultivos de interés agronómico tales como la caña de azúcar, el arroz y el álamo con el fin de poder aportar a su aplicación biotecnológica. Se ha demostrado que los aislamientos Enterobacter sp. UYSO10, Shinella sp.UYSO24, Achromobacter sp.UYSO01 y Acinetobacter sp.UYSO03, PCV de las variedades de caña de azúcar cultivadas en Uruguay. Dichos aislamientos fueron secuenciados con el fin de caracterizarlos en mayor profundidad a nivel genómico, mediante el secuenciador Ion Torrent PGM. Esta plataforma de secuenciación masiva presenta un perfil de errores característicos. Estudios recientes han mostrado que un modelo matemático relativamente sencillo del proceso de secuenciación de Ion Torrent, permite disminuir sensiblemente los errores de lectura en comparación con el procesamiento provisto por el fabricante. Esto es particularmente interesante para logar secuencias genómicas de mayor calidad sin aumentar el costo económico. En esta propuesta se explora la mejora del software utilizado para decodificar los datos del Ion Torrent a secuencias nucleotídicas utilizando modelos del tipo Markoviano. Asimismo propone aplicar esta mejora para la caracterización desde un punto de vista genómico, de las cepas PCV Enterobacter sp.UYSO10, Shinella sp.UYSO24, Achromobacter sp.UYSO01 y Acinetobacter sp.UYSO03, utilizando y fortaleciendo la plataforma de secuenciación masiva del Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE).