La Comisión Honoraria del SNI le ha otorgado la distinción de investigador emérito por su contribución al desarrollo científico en el Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable en las últimas décadas.
El Dr. Trujillo ha contribuido especialmente en el desarrollo de las neurociencias, con aportes reportados en publicaciones de la más alta calidad. Sus estudios relativos a circuitos neuronales implicados en receptores de peces eléctricos así como también los relativos a la capacidad neurogénica de la médula han sido de especial impacto. A lo largo de su trayectoria, ha contribuido a la formación de investigadores de calidad en el área que se han transformado en referentes en distintas ramas de las neurociencias.
Desde el punto de vista de la construcción institucional, configuran un aporte por demás relevante y significativo para el país, tanto su actuación en el IIBCE, como su labor en la reconstrucción de las neurociencias en el país y el desarrollo del Programa de Desarrollo de Ciencias Básicas (PEDECIBA).