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Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) es el agente causal de la paratuberculosis, o enfermedad de Johne (JD), una enfermedad infecciosa de evolución lenta, conocida en los rumiantes domésticos y animales silvestres, que recientemente ha sido aislada en humanos en los que puede estar asociada con la enfermedad de Crohn. La paratuberculosis tiene un considerable impacto económico en la industria pecuaria, debido principalmente a la disminución en la producción de leche y carne, así como alteraciones reproductivas. MAP es un microorganismo ubicuo, que presenta alta resistencia a condiciones adversas, lo que aumenta el riesgo de difusión de la enfermedad. A pesar de ser una subespecie homogenea en bovinos, se han descrito diferencias en la patogenicidad entre linajes tipo I/III (tipo ovino) y tipo II (tipo bovino). Las diferencias entre estos linajes han sido caracterizadas en base a marcadores moleculares y son recientes los primeros trabajos describiendo el genoma de la especie. En este proyecto se propone obtener las secuencias de los genomas completos de aislamientos obtenidos en cuatro tipos de hospederos, así como muestras aisladas en el ambiente. Este conjunto de datos nos permitirá identificar y caracterizar los linajes de MAP que circulan en distintos hospederos e investigar las bases moleculares de las diferencias previamente descritas. Ademas, las secuencias genómicas obtenidas nos permiten poner a prueba diferentes hipótesis sobre la historia demográfica y evolutiva de MAP, así como establecer las posibles correlaciones entre los polimorfismos y la patogenicidad.