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La metagenómica es una herramienta que ha ganado un creciente interés, con diversidad de enfoques ecológicos, biotecnológicos y sanitarios. El conocimiento de la composición de la microbiota bacteriana de distintas áreas del cuerpo tiene grandes implicancias en la salud humana y animal. En bovinos existen numerosos estudios de la microbiota del sistema digestivo mientras que en el sistema reproductivo los métodos independientes de cultivo están en sus comienzos. En algunos trabajos se observaron grandes similitudes en la microbiota vaginal bovina entre diferentes razas y en otro más reciente, diferencias significativas en la diversidad de la microbiota entre las distintas etapas de gestación. Este trabajo de Maestría se enmarca en el Proyecto de investigación Fundamental Fondo Clemente Estable 2019 (FCE_1_2019_1_155852) titulado: “Estudio longitudinal de la microbiota bacteriana vaginal bovina a nivel taxonómico y su relación con el ciclo reproductivo”. El mismo permitirá comenzar a conocer la composición de esta microbiota y sentará un punto de partida para obtener un conocimiento más profundo de las patologías reproductivas que estudiamos en el laboratorio. La hipótesis de este trabajo es que existen diferencias entre la diversidad de especies bacterianas presentes en la vagina de bovinos sin problemas reproductivos en diferentes etapas del ciclo reproductivo. El objetivo es el análisis taxonómico de la microbiota bacteriana presente en el tracto vaginal de bovinos sanos a lo largo del ciclo reproductivo. Se muestrearán 50 vaquillonas menores de 2 años de la raza Hereford, que no manifiesten síntomas de enfermedades del tracto reproductivo. Los animales serán muestreados en el momento de la inseminación y del diagnóstico de preñez. Luego se realizará un muestreo por trimestre y otro 60 días después del parto. Se amplificará por PCR el fragmento V4 del gen 16S de bacterias y arqueas y se realizará un perfil taxonómico de la microbiota mediante la secuenciación masiva de los amplicones con la tecnología Illumina. Se asociarán las diferencias en la microbiota con las distintas etapas del ciclo reproductivo. Este trabajo brindará una línea de base para futuros proyectos en los cuales se estudie la posible asociación entre los cambios de la microbiota y el desarrollo de problemas reproductivos, lo que proporcionará una mejora en la salud reproductiva bovina.